KEM-onderzoek begint met het formuleren van onderzoeksvragen. Deze vragen zijn afkomstig uit verschillende bronnen, waaronder burgers, overheden, kennisinstellingen KGG en SodM. Het KEM-panel beoordeelt deze vragen op basis van hun wetenschappelijke toegevoegde waarde.
Sommige van deze vragen zijn in behandeling en hebben (nog) niet geleid tot een KEM-onderzoek. Andere zijn – na zorgvuldige afweging – gemarkeerd als buiten de scope van KEM en zullen niet door KEM worden opgepakt.