Het KEM-programma ging in juni 2017 van start met de vaststelling van het strategisch onderzoekskader van KEM voor de periode 2017-2019. In dit document werd nader ingegaan op de reikwijdte van het KEM-programma en het kader voor risicobeheer in de mijnbouw. Onder ‘effecten van mijnbouw’ worden gevaren en risico's verstaan die door mijnbouw worden veroorzaakt. De soorten gevaren en risico's, evenals de soorten mijnbouwactiviteiten die in het KEM-programma in aanmerking moeten worden genomen, werden gespecificeerd. Dit vormt sindsdien de basis voor de selectie van KEM-onderzoeksvragen en -projecten.
Alle onderzoeksvragen van het ministerie van Economische Zaken en Staatstoezicht op de Mijnen (SodM), evenals de vragen die door het publiek tijdens platformbijeenkomsten werden gesteld, werden geplaatst binnen een algemeen risicobeheerkader. Het KEM-programma begon met de onderzoeksagenda's van het ministerie van Economische Zaken en Klimaat en het Staatsbedrijf Mijnbouw. Onderzoeksvragen en -agenda's die door publieke platforms en tijdens een bijeenkomst over ondergrondse kwesties in Groningen aan de orde werden gesteld, werden ook opgenomen in de onderzoeksagenda voor 2017-2018. Later werden daar onderzoeksvragen van paneldeskundigen en publieke platforms aan toegevoegd. Deze geïntegreerde onderzoeksagenda vormde de basis voor de selectie van KEM-onderzoeksvragen en -projecten. In 2022 werd een meer uitgebreide strategie voor onderzoek naar effecten mijnbouw en de prioritering van dreiging en risicoanalyse (DRA) instrumenten in Nederland gepubliceerd.
KEM-projecten duren doorgaans zes maanden tot twee of drie jaar, zodat ze snel effect kunnen sorteren. Het zijn toegepaste onderzoeksprojecten. Sommige projecten zijn gericht op het consolideren van kennis in openbaar beschikbare risico-instrumenten. Alle projectresultaten worden openbaar gemaakt. Voordat ze worden opgestart, worden alle onderzoeksvragen beoordeeld door het onafhankelijke deskundigenpanel van KEM. Het wetenschappelijke deskundigenpanel van KEM evalueert ook de resultaten en impact van elk KEM-project. Het document ‘KEM-strategie en -werking 2023-2027’ beschrijft de huidige werkwijze van het wetenschappelijk panel van KEM.